Просмотрев на свежую голову, идея состоит в том что файл целиком читается в память, а память для каждого скрипта ограничена.
Потому можно добавить вторую строку следующим образом, вместо 16 поставить размер на пару мегабайт больше размера исходного файла с миллионами строк :) :
<?phpini_set('memory_limit','16M');$text = file_get_contents("C:\\phptest\\text.txt");$lines = explode("\r\n", $text);$number = 1;foreach ($lines as &$line) { $line ="(".$number.", '".$line."'),";$number++;}$text = implode("\r\n", $lines);file_put_contents("C:\\phptest\\text2.txt", $text);?>