Если BIOS от Award, то утилита называется awdflash. На дискете должны быть следующие файлы:
command.com
io.sys
msdos.sys
файл утилиты
файл новым BIOS.
Перед прошивкой отключи все диски, кроме флопа. В последних версиях матерей есть встроенная утилита для перепрошивки, вызывается она, по-моему, нажатием ALT+F2 при загрузке компа, в этом случае тебе будет нужна дискета только с файлом нового BIOS.
P.S.: Под Win 2000 DOSа нет, только его эмуляция.