У меня это было так: создаю архив, захожу внутрь, ставлю пароль.
А оно не ставится... Отож.
Тут собака порылась не по детски - у винрара недоработка. Пароль ставится на ахивы, созданные после установки пароля в течение сеанса работы с программой. Не спрашивай, откуда такие навязчивость у винрара - просто вчитайся, что я говорю.
Итак.
1. Вводишь пароль.
2. После того, как ключик в левом нижнем углу программы покраснел - создаешь архивы.
3. Наслаждаешься запароленными архивами :-)